Dans Mr. Prepper, le joueur incarne un personnage qui se prépare à la catastrophe imminente. Pour survivre, il doit aménager un abri souterrain en construisant des jardins, des zones de lancement de fusées et des chambres pour des substances potentiellement dangereuses. Le commerce avec les voisins est essentiel, mais il faut garder un profil bas pour échapper à l'attention des autorités qui surveillent ses activités.