Dans Virtual Villager 2 : The Lost Children, les joueurs plongent dans un monde insulaire où ils doivent gérer une communauté de villageois qui tentent de survivre à travers la pêche, l'agriculture et l'exploration. En résolvant des énigmes et en aidant les villageois à retrouver leurs enfants disparus, les joueurs découvrent les secrets de l'île et améliorent les compétences de leur tribu.