Dans cette suite captivante de Freedom Planet, les héros se retrouvent confrontés à une nouvelle menace redoutable qui émerge des profondeurs marines. Deux ans après les événements du précédent opus, un dragon aquatique ancien et terrifiant, nommé Merga, menace de plonger le monde d'Avalice dans le chaos. Les protagonistes doivent faire preuve de courage et d'union pour triompher de ce défi monumental et sauvegarder leur terre natale.