Dark Colony est un jeu de stratégie en temps réel où les joueurs prennent le contrôle de colonies humaines sur Mars. Après la découverte d'une ressource précieuse, les premiers colons se retrouvent confrontés à des défaillances mystérieuses dans leur infrastructure. Ils réalisent rapidement que des extraterrestres, refugiés sur la planète rouge, sont en guerre pour défendre leur territoire. Les joueurs doivent bâtir des bases, gérer des ressources et engager des combats pour dominer les deux factions et établir leur suprématie sur Mars.