Dans un futur proche, un virus malveillant, invisible aux radars des systèmes de sécurité, menace de faire tomber un réseau international de communication ultra-protégé. Dans Cypher Code Secret : Babylone, vous devez infiltrer et détruire un laboratoire clandestin ainsi qu'un module satellite repéré par le Pentagone, afin de contrer une menace terroriste imminente. Manœuvrez avec précaution dans cet univers hostile en exploitant des gadgets de pointe pour rester dans l'ombre.