X-com : Apocalypse est un jeu de stratégie qui mélange des éléments de tactique au tour par tour avec des phases en temps réel, se déroulant sur un futur dystopique où la ville de MegaPrimus est menacée par des entités mystérieuses. En 2084, alors que la civilisation humaine est en déclin, des portails dimensionnels surgissent, amenant des formes de vie inconnues dans cette métropole. Face à ce danger inexpliqué, le Sénat fait appel à X-Com, l'organisation chargée de défendre l'humanité, pour lutter contre ces envahisseurs et protéger les derniers vestiges de la civilisation.