Dans Pokémon Donjon Mystère : Explorateurs du Temps, le joueur entre dans l'univers fascinant des Pokémon, jouant le rôle d'un combattant déterminé à explorer des donjons infinis. Avec l'aide d'une équipe de compagnons Pokémon, il se lance dans des missions variées pour résoudre des mystères et retrouver des trésors perdus. Le jeu met l'accent sur la stratégie en combat et l'exploration, offrant une expérience captivante au sein d'une guilde d'aventuriers.