Dans Mega Man Star Force 2 : Zerker X Ninja, les joueurs prennent le contrôle de Geo Stelar, un jeune garçon qui fusionne avec un robot extraterrestre pour combattre des ennemis menaçants dans un monde numérique. Le jeu propose deux versions distinctes, chacune offrant des transformations uniques pour améliorer les compétences du héros. Les joueurs explorent divers environnements, résolvent des énigmes et engagent des combats stratégiques en utilisant des cartes pour invoquer des attaques. Cette suite enrichit l'expérience des fans avec de nouveaux défis et des graphismes améliorés, tout en restant fidèle à l'esprit dynamique de la franchise.