Dans Galaxy Express 999, le joueur prend le contrôle de Tetsurô Hoshino, un garçon orphelin dont la mère a été tuée par un cyborg cruel. Sa quête l'amène à rencontrer Maetel, une mystérieuse jeune femme qui lui propose de voyager à travers les étoiles à bord d'un train spatial. Tetsurô espère développer un corps robotique pour poursuivre sa vengeance. Ce jeu d'action-aventure, inspiré de l'univers de Leiji Matsumoto, permet d'explorer des mondes fascinants et d'affronter divers ennemis tout en touchant à des thèmes profonds tels que la vie et la mort.