Dans The Legend of Zelda : Majora's Mask 3D, Link se retrouve dans le monde étrange de Termina, où il doit affronter des événements tragiques se déroulant en un délai de trois jours. Pour éviter que la lune ne s'écrase sur ce royaume, il devra traverser des quêtes périlleuses, retrouver des masques à pouvoirs variés et se confronter à des créatures mystérieuses. Sa tâche est de récupérer l'Ocarina du Temps et d'utiliser le pouvoir du temps pour inverser les événements, rassembler des alliés et finalement sauver Termina de la destruction imminente.