Dans Pokémon Donjon Mystère : Les Portes de l'Infini, vous incarnez un Pokémon au sein d'un univers mystérieux où vous devez explorer des donjons générés aléatoirement. En tant que héros, votre mission est d'aider les Pokémon en détresse et de percer les mystères qui entourent ce monde fascinant. Vous pourrez également déployer vos talents pour développer un sanctuaire appelé Pokéden, en accomplissant diverses missions pour collecter des ressources. Grâce à l'appareil photo de la Nintendo 3DS, vous aurez la possibilité de débloquer encore plus d'aventures et de défis à travers des donjons uniques.