Dans Hamtaro : Rainbow Rescue, les joueurs rejoignent Hamtaro, le charmant hamster, dans une quête pour restaurer les couleurs de l'arc-en-ciel après qu'un extraterrestre espiègle les ait éparpillées à travers différents niveaux. En rencontrant des amis et en accomplissant diverses énigmes, le but est de collecter les sept objets magiques nécessaires pour ramener l'arc-en-ciel à son éclat d'antan.