Dans Mega Man Battle Network 5 : Team ProtoMan, Lan Hikari et son fidèle Navi, Mega Man, sont entraînés à lutter contre le retour du maléfique Dr. Regal et de son organisation criminelle Nebula. Les joueurs doivent naviguer à travers un monde numérique rempli de virus et de nouveaux défis tout en comptant sur des alliances stratégiques et en collectant des chips pour renforcer Mega Man. Ce cinquième opus de la série, qui se divise en deux versions – Team ProtoMan et Team Colonel – propose des mécanismes de jeu enrichis et des éléments narratifs captivants.