Dans Mega Man Battle Network 5 : Team Colonel, les joueurs plongent dans un univers virtuel où le héros Lan et son Navi, Mega Man, s'attaquent à l'organisation criminelle Nebula et à son chef, le Dr. Regal. Les joueurs doivent explorer le réseau, combattre des virus et des ennemis tout en collectant des cartes pour améliorer leurs compétences. Le jeu propose deux versions distinctes offrant des histoires et des capacités différentes, permettant ainsi une expérience variée selon la version choisie.