Ganbare Goemon Puzzle est un jeu de réflexion sur Super Nintendo, où les joueurs doivent aider Ebisu-maru à libérer Goemon de ses captifs. En parcourant divers niveaux, les joueurs rencontrent une série d'énigmes et de défis amusants, tout en conservant l'esprit jovial de la franchise. Ce titre propose également un mode coopératif, permettant à deux joueurs de s'entraider pour surmonter les obstacles et résoudre les puzzles, rendant l'expérience encore plus plaisante.