Dans Megami Tensei Gaiden : Last Bible II, vous êtes plongé dans un monde où une prophétie prédit la naissance d'un enfant capable de ramener une force divine au sein du royaume de Magoku, un territoire peuplé de démons. Pour empêcher la réalisation de cette prophétie, le roi envoie une armée à la recherche de cet enfant. Vous, en tant que membre de cette armée, devrez traverser des paysages variés et interagir avec des démons, que vous pourrez recruter et invoquer lors des combats. Votre aventure sera également influencée par le cycle lunaire, qui aura un impact sur vos interactions et le comportement des démons que vous rencontrerez.