Dans Baby Felix Halloween, les joueurs accompagnent Félix et sa fidèle amie Kitty dans une quête pour retrouver leurs amis disparus lors d'une sombre fête d'Halloween dans un manoir mystérieux. L'aventure les entraîne à travers différents lieux et époques, chacun regorgeant de défis et d'énigmes. Pour sauver leurs amis, ils doivent collecter des objets spéciaux et résoudre des mystères, tout en évitant les créatures effrayantes qui hantent le manoir. L'objectif ultime est de déverrouiller la porte du manoir, où se trouvent les personnages retenus captifs.