Dans Pikmin, le joueur incarne le capitaine Olimar, un explorateur spatial dont le vaisseau s'est écrasé sur une planète inconnue et luxuriante. Pour retrouver les pièces de son vaisseau et réparer son vaisseau endommagé, Olimar doit mobiliser des créatures mystérieuses appelées Pikmin. Ces petits êtres, chacun avec des compétences uniques, assistent Olimar dans sa quête à travers des environnements variés tout en affrontant des dangers et en résolvant des énigmes. La gestion stratégique des Pikmin est essentielle pour surmonter les obstacles et ramasser les morceaux du vaisseau éparpillés dans ce monde étrange.