Zoids Versus sur GameCube est un jeu d'action mettant en scène les Zoids, des robots capables de se transformer en dinosaures. Le joueur peut choisir entre deux aventures différentes : l'une du côté des Républicains, l'autre du côté de l'Empire, chacune ayant ses propres personnages jouables. Le jeu propose également un mode multijoueur.