Dans Megami Tensei Gaiden : Last Bible Special, les joueurs plongent dans un univers où ils doivent jongler avec des forces mystiques pour protéger leur terre. Le protagoniste, El, se voit confier la tâche de maîtriser les pouvoirs de Gaia, un art ancien, afin de contrecarrer les plans d'un sombre maître de Gaia. Accompagné de ses alliés, Kishe et Uranus, il navigue à travers des épreuves épiques et des combats stratégiques pour restaurer la paix.