Dans Missile Command 3D sur Atari Jaguar, vous êtes aux commandes d'un système de défense chargé de protéger des villes d'une attaque aérienne dévastatrice. Armé de trois canons, chacun équipé de missiles, votre objectif est de repousser des vagues d'ennemis qui menacent d'anéantir vos cités. Chaque canon, limité en munitions, doit être utilisé judicieusement pour gérer les crises tout en préservant vos ressources. Affrontez une multitude de niveaux de difficulté croissante, où chaque décision peut faire la différence entre la survie et la destruction.