Dans Secret Isle Of Dr. Quandary, vous suivez les traces d'un homme en quête d'aventure. Après avoir aperçu une fête foraine mystérieuse au loin, il s'y rend pour découvrir un univers intrigant. Le propriétaire, le Dr. Quandary, vous engage dans un jeu étrange où tirer sur des cibles peut vous rapporter des récompenses. Cependant, une poupée vous est remise, et voilà votre âme piégée à l'intérieur. Vous devez maintenant déjouer les plans du docteur pour retrouver votre humanité perdue.