Zaxxon's Motherbase 2000 est un jeu de tir spatial sur Megadrive 32X qui plonge le joueur dans une bataille tactique au-dessus d'une base ennemie. En pilotant un vaisseau, vous devrez détruire des cibles stratégiques tout en esquivant les tirs ennemis. En plus du mode solo, le jeu propose un mode multijoueur où deux joueurs s'affrontent, augmentant ainsi l'intensité des combats.