Dans Pokémon Donjon Mystère : Explorateurs de l'Ombre, vous êtes plongé dans un univers où vous incarnez un Pokémon, prêt à explorer des donjons mystérieux. Vous pourrez choisir parmi de nombreuses missions pour aider d'autres Pokémon et découvrir des trésors cachés. Rejoignez une guilde d'aventuriers et partez à l'aventure dans des environnements périlleux tout en vous liant d'amitié avec vos compagnons et en combattant des ennemis redoutables.